瘤胃原虫菌群结构及其在瘤胃中丰度变化的规律开题报告

1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）

反刍动物瘤胃是一个复杂的微生态系统，饲料的消化代谢依赖于微生物的活^[1,2]。瘤胃微生物可将饲料营养成分转化为能被动物机体利用的物质，因此瘤胃微生物菌群对宿主机体健康和动物产品的形成至关重要。瘤胃中有三大类微生物菌群参与饲料的降解过程，即细菌、原虫和真菌。其中，原虫是个体最大、生物量比重最高的菌群，在瘤胃代谢过程中具有重要作用^[1]。因此深入了解瘤胃原虫的菌群结构和变化规律，对反刍动物瘤胃代谢的调控具有重要意义。

日粮不仅能够影响原虫的数量，也能影响原虫菌群结构^[5]。不同精粗比日粮对内毛虫数量影响较大。在奶牛上，饲喂干草或牧草时，内毛虫数量占总数的40%-90%。日粮中添加精饲料时，内毛虫数量可达整个纤毛虫数量的90%-98% ^[6]。此外，ueda等（2003）研究发现，与采食日粮精粗比为35:65的奶牛相比，日粮精粗比为65:35的奶牛内毛虫的数量显著提高^[7]。并且，随着日粮精粗比的提高，密毛属和均毛属纤毛虫数量会显著增加，这可能是由于均毛属和密毛属能够优先利用可溶性糖的原因。belzecki等（2004）研究发现，当绵羊瘤胃内存在内毛属纤毛虫时，真双毛属纤毛虫的数量会降低，这可能是由于内毛属对淀粉的竞争导致了真双毛属数量的减少^[8]。

由于在集约化的养殖过程中，反刍动物常常被饲喂高精料日粮，以提高其生产性能。但高精料饲喂也会引起瘤胃异常代谢，因此研究反刍动物日粮与原虫区系之间的关系，维持反刍动物瘤胃正常代谢及提高生产性能具有重要意义。因此，深入了解原虫菌群结构及其丰度的变化规律是必要的。

2. 研究的基本内容和问题

1.研究目标

通过检测不同粗精比日粮下山羊瘤胃原虫菌群结构和丰度，研究并阐明不同日粮对瘤胃原虫菌群的影响，为调控瘤胃发酵，提供理论基础。

3. 研究的方法与方案

1.研究方法

利用荧光定量法检测原虫在山羊瘤胃内的变化规律；运用高通量测序法，检测饲喂不同日粮山羊瘤胃中原虫菌群结构。

2.技术路线

4. 研究创新点

本课题采用高通量测序法，深度测序了瘤胃原虫的菌群结构。

5. 研究计划与进展

2015年 6月2015年9月 查阅文献，确立课题，完善实验计划；

2015年10月2014年12月 两种日粮饲喂山羊；

2016年1月2014年3月 测定实验结果；