基于二代测序数据识别杨树SSR分子标记开题报告

1. 本选题研究的目的及意义

#本选题研究的目的及意义
简单重复序列（simplesequencerepeats，ssrs）作为一种广泛分布于真核生物基因组中的串联重复序列，具有共显性遗传、多态性丰富、易于检测等优点，在遗传图谱构建、基因定位、品种鉴定、遗传多样性分析等领域展现出巨大的应用潜力。

杨树作为重要的速生用材树种，在木材生产、生态环境建设等方面发挥着不可替代的作用。

然而，传统ssr标记开发方法成本高、效率低，难以满足杨树遗传育种研究的需求。

2. 本选题国内外研究状况综述

#本选题国内外研究状况综述
近年来，二代测序技术已被广泛应用于ssr标记开发，并取得了显著进展。

1. 国内研究现状

国内学者利用二代测序技术已成功开发出水稻、小麦、玉米等多种农作物的ssr标记，并将其应用于遗传多样性分析、品种鉴定等研究。

3. 本选题研究的主要内容及写作提纲

#本选题研究的主要内容及写作提纲

1. 主要内容

1.从公共数据库下载杨树基因组数据。

4. 研究的方法与步骤

本研究将采用以下方法和步骤：
1.数据获取与预处理：从ncbi等公共数据库下载杨树基因组测序数据，利用生物信息学软件对原始数据进行质量控制，去除低质量reads和接头序列，获得高质量的cleanreads。

2.ssr位点识别与分析：利用misa等软件对cleanreads进行ssr位点识别，统计分析ssr位点的类型、重复次数、分布特征等信息。

3.ssr引物设计与筛选：利用primer3等软件设计ssr引物，并根据引物设计原则筛选出高质量的引物，例如引物长度、gc含量、退火温度等。

5. 研究的创新点

本研究将在以下几个方面进行创新：
1.利用最新版本的二代测序数据和生物信息学软件，提高ssr标记开发的效率和准确性。

2.结合杨树基因组注释信息，分析ssr位点在基因组中的分布特征，探讨其潜在的功能。

3.利用开发的ssr标记对不同来源的杨树群体进行遗传多样性分析，为杨树种质资源的保护和利用提供理论依据。

6. 计划与进度安排

第一阶段 （2024.12~2024.1）确认选题，了解毕业论文的相关步骤。

第二阶段（2024.1~2024.2）查询阅读相关文献，列出提纲

第三阶段（2024.2~2024.3）查询资料，学习相关论文

7. 参考文献（20个中文5个英文）

1. 刘青华，王军辉，张健，等. 基于二代测序技术的ssr标记开发及其应用[j]. 分子植物育种, 2018,16(13):4282-4290.

2. 郭英俊，张星耀，梁宇，等. 基于二代测序技术开发ssr标记研究进展[j]. 植物遗传资源学报, 2017,18(05):933-940.

3. 黎杰，李云，李晓玲，等. 基于二代测序技术开发ssr标记及其在甘蓝型油菜遗传多样性分析中的应用[j]. 中国油料作物学报, 2019,41(04):524-531.